Фондовая коллекция Балахнинского музейного историко-художественного комплекса представляет большой историко- культурный и художественный интерес. Формирование фондов музея началось в 1926 году. Их основу составили предметы из разоряемых балахнинских церквей. По оценке реставраторов ФГУП «Межобластного научно- реставрационного художественного управления» особой уникальностью и высоким художественным уровнем письма обладает коллекция икон XVII-XIX вв.

Заслуживает пристального внимания специалистов немногочисленная, но самобытная коллекция деревянной скульптуры XVIII в., старопечатных книг XVII-XIXвв., церковной утвари, риз.

Ценной коллекцией является собрание балахнинских красноглиняных и глазурованных полихромных изразцов XVI-XIX вв. (целые печные и архитектурные изразцы и их фрагменты). В XVII-XVIII вв. Балахна была одним из центров изразцового производства.

Высокую художественную ценность представляет коллекция балахнинских нитяных кружев многопарной и сцепной техник плетения второй половины XIX- начала XXI вв.

Экспонаты музейного комплекса отражают многовековую историю Балахнинского края, начиная с периода мезолита, неолита и заканчивая историей предприятий, основанных в советский период.

Уникальность фондового собрания заключается в его целостности. Это позволило музейному комплексу создать тематические филиалы и разновременные, выверенные в хронологическом порядке экспозиции.

Собрание музея состоит из находящихся на хранении экспонатов, включенных в основной и научно-вспомогательный фонды.      Основной фонд — часть музейного собрания, включающая подлинные, оригинальные музейные предметы. Основной фонд музейного комплекса включает 11 коллекций:

- «Оружие»;

- «Зоологическая»;

- «Нумизматика»;

- «Кружева»;

- «Дерево, керамика, фарфор»;

- «Иконы»;

- «Живопись и декоративно- прикладное творчество»;

- «Металл, стекло, кожа, камень»;

- «Археология»;

- «Ткани»;

- «Письменные источники»

На сегодняшний день основной фонд музея содержит 17365 музейных предметов.

Научно-вспомогательный фонд — это часть музейного собрания, состоящая из различных научно-вспомогательных материалов (фотокопии, муляжи, макеты, карты, диаграммы, схемы и т.п.). На сегодняшний день научно- вспомогательный фонд музея содержит 3823 экспоната.